2026 세제개편안 확정 발표…부동산 세제 기준, '보유'에서 '거주'로…장특공제 10억원 한도 첫 도입

정부가 2026년 세제개편안을 확정 발표하면서 부동산 세제의 기준축이 '보유'에서 '거주'로 전면 이동한다. 종합부동산세는 주택 수 대신 합산 가액과 실거주 여부를 중심으로 개편되고, 양도소득세 장기보유특별공제에는 처음으로 금액 한도가 도입된다.

ⓒ 재정경제부

재정경제부는 3일 세제발전심의위원회에서 이 같은 내용의 '2026년 세제개편안'을 의결했다고 밝혔다. 구윤철 부총리 겸 재정경제부 장관은 "거주용 1주택의 경우 시가 20억원에서 30억원 수준까지는 세액이 줄어들게 되고, 30억원에서 40억원까지는 세액 변동이 크지 않게 해 최대한 보호하겠다"며 "40억원에서 50억원 수준을 초과하는 주택에는 과세를 정상화하겠다"고 설명했다. 주택은 사고파는 자산이 아닌 생활의 터전이라는 인식을 세제를 통해 뿌리내리겠다는 것이 정부의 핵심 방침이다.

이번 개편에서 가장 눈에 띄는 변화는 양도소득세 장기보유특별공제(장특공제)에 금액 한도가 처음 설정된다는 점이다. 현행 제도는 보유기간과 거주기간에 비례해 공제액이 제한 없이 늘어나는 구조였으나, 2028년부터 양도물건별 한도를 20억원으로 설정하고 2029년부터는 10억원으로 낮춘다. 재정경제부 세제실장은 "양도가액이 40억원, 50억원으로 고액인 경우에 이 한도에 걸리게 되는 구조"라고 설명했다. 이른바 '똘똘한 한 채'로 집중되는 투자 수요를 분산시키려는 의도가 담겼다는 분석이 나온다.

공제 기준도 보유기간에서 거주기간으로 단계적으로 전환된다. 현재는 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주한 1세대 1주택자에 대해 보유와 거주에 각각 연 4%씩, 최대 80%의 공제를 적용하고 있다. 2028년부터는 보유공제를 절반으로 줄이고 거주공제 비중을 높이는 중간 단계를 거쳐, 2029년부터는 보유공제를 완전히 폐지하고 실제 거주기간에 대해서만 연 8%, 최대 80%를 공제하는 체계로 전환한다. 10년 이상 실거주해야 최대 공제율에 도달할 수 있게 되는 셈이다.

종합부동산세 역시 구조적 재편이 이뤄진다. 현행 제도는 1·2주택 보유자에게 0.5~2.7%, 3주택 이상 보유자에게 0.5~5.0%의 세율을 적용하는 이원 체계인데, 2028년부터는 주택 수와 무관하게 0.5~5.0%로 단일화된다. 그 전 단계로 내년에는 1·2주택자의 세율이 0.5~3.5%로 올라간다. 초고가 구간일수록 인상 폭이 크다. 시가 46억원이 넘는 아파트 보유자의 경우 과표 12억원 초과 25억원 이하 구간에서 세율이 2년에 걸쳐 0.7%포인트 상향된다.

이번 세율 단일화는 형평성 문제를 해소하려는 취지에서 비롯됐다. 동일한 주택 합산 가액을 기준으로 비교할 때, 초고가 주택 한 채를 보유한 사람의 종부세 부담이 여러 채를 나눠 보유한 사람보다 현격히 낮아 과세 형평에 어긋난다는 지적이 꾸준히 제기돼 왔다.

기본공제금액과 공정시장가액비율도 함께 조정된다. 기본공제금액은 현재 1세대 1주택자 12억원, 그 외 9억원에서 내년부터 거주 1주택자 14억원, 비거주 1주택자 9억원으로 차등화된다. 공정시장가액비율은 현행 60%에서 내년 70%로 일괄 인상되며, 조정대상지역 주택보유자와 3주택 이상 보유자는 2028년에 80%까지 올라간다. 결과적으로 시가 20억원 이하 거주 1주택자는 종부세 납세 의무 자체가 생기지 않는 반면, 시가 46억원을 초과하는 주택 보유자부터는 세 부담이 가파르게 늘어나는 구조다.

다주택자에게는 전환기 완충 장치가 마련됐다. 조정대상지역 내 2년 이상 보유한 주택을 양도할 경우 적용되는 중과세율이 2028년까지 한시적으로 완화된다. 올해 5월 10일부터 중과세가 재개된 상황에서, 2주택자의 가산세율은 내년에 현재보다 15%포인트, 2028년에 10%포인트 낮아진다. 3주택 이상 보유자는 2027년 20%포인트, 2028년 15%포인트씩 인하된다. 매도 기회를 제공해 시장 충격을 완화하겠다는 취지다.

종부세 세액공제 요건도 손질된다. 현재는 보유기간 5년 이상, 만 60세 이상의 고령자에게 합계 80% 한도로 세액공제를 적용하고 있는데, 2028년부터는 보유기간 대신 거주기간을 기준으로 바꾸고 공제 금액 상한(600만원)도 새로 도입한다. 전년도 보유세의 150%로 설정된 세 부담 상한도 내년부터 200%로 높아진다. 한편 취학, 전근, 치료, 해외 체류, 부모 봉양 등 불가피한 사유로 거주하지 못한 기간은 거주 기간으로 인정받을 수 있다.

이번 세제개편안은 입법예고와 국무회의를 거쳐 정기 국회에 법안으로 제출될 예정이다.